獲許可使用隧道之車輛
運輸署限制可以進出愉景灣隧道的車輛，只准特許車輛使用。特許車輛包括居民巴士，作送貨及服務用途的貨車以及政府車輛。
私家車、電單車、高爾夫球車、載客小巴、自行車及行人均不得使用該隧道。

特別車輛在愉景灣許可停留時間
獲准的申請，首兩小時費用全免，逾時收費如下：

第一小時或以內100元
第一小時之後每小時或以內200元／每小時
所有車輛必須於午夜零時前離開，不可通宵停留

進入愉景灣的車輛只可停泊在申請的位置。若該車輛被發現停泊在未經許可的地方，違例停泊的車輛將會被鎖，並須繳付開鎖費320元。.

非標準規格及非一般貨物車輛
非標準規格及非一般貨物車輛只可行走愉景灣隧道，並只准停泊在稔樹灣服務區(10B區）。絕對禁止進入愉景灣其他地區。非標準規格及非一般貨物車輛可繳付700元正，要求安排護送服務，費用請於離開時於准許證簽收處交付（只收現金）。

愉景灣商業租客的車輛，不須准許證進出愉景灣。但商業租客的車輛必須是特許車輛，並獲得運輸署頒發的香港所有道路使用權的牌照。